超声波破碎是很强烈的破碎方法，适用于多数微生物的破碎。

一般杆菌比球菌易破碎，G-细菌比G+细菌易破碎，对酵母菌的效果较差。

但超声波产生的化学自由基团能使某些敏感性活性物质失活。

超声波破碎的有效能量利用率极低

由于对冷却的要求相当苛刻，所以不易放大，但在实验室小规模细胞破碎中常用。

不同机械破碎方法的比较

选择破碎方法的依据：

细胞处理量；

细胞壁强度和结构(高聚物交联程度、种类和壁厚度)；

目标产物对破碎条件的敏感性；

破碎程度；

目标产物的选择性释放

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